故事延续上部结局，李家俊背后更大的势力逐渐浮出水面，香港各部之间的权力制衡更加紧张，再掀巨大波澜这一部讲述了经过寒战行动后，刘杰辉虽然升任警务处处长，但昔日的凶徒不仅逍遥法外，甚至要将行动进一步的升级绑架他的妻儿，而他也发现身边的同僚们也在玩着权力的游戏。

石一坚（周润发 饰）在女儿（童菲 饰）的婚礼上，因误用兄弟小马（张家辉 饰）的“催眠治疗”加上机器人炸弹袭击而变得精神错乱。神秘人物易天行（张学友 饰）一心想要置石一坚于死地，幸亏龙五（向华强 饰）带领儿子龙十五（向佐 饰）及时营救。“赌侠”刀仔（刘德华 饰）与赌神表妹高菲（李宇春 饰）也一起来帮助石一坚恢复记忆，众人终于知道易天行就是幕后黑手，为了调查清楚真相，石一坚与“赌神”（周润发 饰）联手，最后大战一触即发。

刘青云、吴镇宇担纲主演的这部黑社会动作片，背景为治安混乱、警匪勾结、警察贪污严重的香港旧时代，生动地反映出当时黑势力猖獗、道德沉沦的社会风貌刘和吴原来是一对沙煲兄弟，自小一同在九龙城寨长大。然而在那个混乱的时代，二人分别成为路数不同的黑老大和警长。两人为生存不择手段，刘甚至为讨好吴而出卖自己的爱人朱茵。两人爱恨纠葛的关系，到香港ICAC成立时终于一发而不可收拾……

香港某个国际伪钞集团重要分子宋子豪（狄龙 饰）和Mark（周润发 饰）情同手足，某次宋子豪带手下谭成（李子雄 饰）去台北交易时被其出卖受枪伤被捕入狱，为替好兄弟报仇，Mark孤身赴台，结果被人打成瘸子，江湖地位自此一落千丈，而宋子豪的父亲也在不久丧命。 一向视宋子豪为偶像的宋子杰（张国荣 饰）得知哥哥的真实身份后，对黑社会及他恨之入骨，立誓利用警察身份将黑帮势力斩草除根，宋子豪出狱后不顾苦等他想重创辉煌的Mark的劝阻，决心弃暗投明，无奈得不到宋子杰的谅解。而此时已成帮会老大的谭成欲找宋子豪再合作，遭拒绝后放言会害宋子杰，被逼走投无路，宋子豪决定再与Mark连手共抗强敌。

从警十七年之久的王伟业（吴彦祖 饰），因为童年和家庭的原因，内心极度不安的他同时秉持着绝对的正义感，以致于其待人接物过程中矫枉过正，与同事交流多有不畅。在驻守急诊室的某个夜晚，伟业为某个急需稀有血型的重伤患者输血，谁知对方是作恶多端的银行抢劫团伙鬼王党的头目韩江（张家辉 饰）。伟业因此受到同事的谴责，而不久后韩江还偷偷溜走，旋即率领同伙犯下滔天大案，伟业的同事更在交火中火焚而亡。人在做，天在看，彪悍跋扈的韩江也从没想过自己会被欲望无情吞噬。另一方面，伟业的精神状况愈加令人堪忧，他拒绝接受心理辅导，宛如鬼魅一般执着地追踪韩江的同伙。

六、七十年代的香港，警察贪污，黑道横行，正是陈华（刘青云饰）与喇叭（林家楝饰）、猫仔（张晋饰）及一班兄弟最风光的日子。

1991年，香港黑帮三合会会员刘健明（刘德华）听从老大韩琛（曾志伟）的吩咐，加入警察部队成为黑帮卧底，韩琛许诺刘健明会帮其在七年后晋升为见习督察。1992年，警察训练学校优秀学员陈永仁（梁朝伟）被上级要求深入到三合会做卧底，终极目标是成为韩琛身边的红人。2002年，两人都不负重望，也都身背重压，刘健明渐想成为一个真正的好人，陈永仁则盼着尽快回归警察身份。

香港出现神秘自杀事件, 死者在手机视频直播下自焚而死，而在场唯一的目击者却坚称自己当时失去了记忆，并且否认与自杀事件有关。警察重案组接手调查, 所有证据都指向目击者是自编自导自演， 教唆他人自杀的真凶。由于自杀视频的流出，造成公众恐慌，警队高层希望在证据确凿之下尽快结案，以释公众疑虑，但唯独督察黄一聪觉得事有蹊跷。一聪在请示上司后，决定再次对事件展开调查......

马会的球赛博彩操盘手被独行杀手（周渝民 饰）杀害，目击证人竟是廉署首席调查主任陆志廉（古天乐 饰），因为他正与另一调查主任王曼玲（蔡少芬 饰）调查幕后操盘手重案组督察刘保强（张智霖 饰）随后介入案件调查，却与陆志廉心生嫌隙。根据线索，警方得知香港非法赌球幕后有一个大庄家叫华老师（卢海鹏 饰）；同一时间马会保安经理伦添源（林保怡 饰）被杀。杀手原来受聘于国际犯罪集团首脑，该首脑操控了欧洲的球赛赛果，跟香港的搭档合作从中获利，而他的搭档，正是马会的董事（石修 饰），正将继任马会主席。两支纪律部队由开始时的互不信任，到最后发展出默契，誓要将集团连根拔起……

余文慧（关之琳 饰）和未婚夫（仇云波 饰）都是知名律师，过着上流人的生活。某日，游龙（甄子丹 饰）来律师事务所办理离婚时目睹了一宗劫案，一大笔美金不翼而飞，另一个目击者就是他太太的律师余文慧。由于误会，大伟和余文慧被警察当作了劫匪通缉，另一边真正的劫匪也没拿到这笔巨款并 怀疑是大伟和文慧二人私吞，也派人追杀他们。二人腹背受敌、百口莫辩，在逃难的过程中，文慧渐渐看清了未婚夫的真面目，同时对大伟另眼相看，真相终于揭开……谁是真正的幕后黑手？大伟和文慧能洗清自己并走到一起吗？

三十岁上的阿搏（周润发 饰）心地善良，可惜事业一事无成，长年与痴迷茅山道术的表姐金花（叶德娴 饰）相依为命，身边只有一个聋哑的昔日江湖兄弟“六尺三”跟随。某日，阿搏在一只古旧家具中发现女鬼魏小蝶（钟楚红 饰）的求助信，遂奉献三年阳寿与小蝶结为鬼夫妻，以助其脱离阴婚羁绊。魏小蝶回阳世报恩，却被阿搏误会为落难大陆妹并再次搭救。阿搏女友阿美（王小凤 饰）厌倦清苦生活频频出轨，终于弃阿搏而去，小蝶现身安慰，填补了阿搏的情感缺失，看穿小蝶女鬼身份的金花施法捉鬼，但终于被小蝶的诚意打动，反而帮助小蝶延长在阳世逗留的时间。阿美离开阿搏后生活并不如意，要求复合被阿搏拒绝后愤而自杀，化作厉鬼寻仇……

月黑风高的夜晚，戚志广（张国荣饰）独自行驶在路上，电台里播放着鬼故事，这时车子突然驶离轨道，戚停下车检查，等他再次上车后蓦地发现后座竟多了个清纯的白衣女子（钟楚红饰）！